Jaguaruna possui em seu território 30 sambaquis e 53 sítios arqueológicos catalogados pelo IPHAN – Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional, o que lhe confere o título de “Santuário Arqueológico”. Entre eles se destaca o sambaqui de Garopaba do Sul, considerado o maior sambaqui do mundo, medindo 200 metros de comprimento por 30 metros de altura, numa área de 10 hectares.